L'isola è stata abitata fin dai tempi più antichi. Gli studiosi fanno riferimento almeno alla fine del quinto millennio a.C.. A tal proposito sono stati rinvenuti diversi siti archeologici in quasi tutta l'isola. Dopo le presenze ellenistico-romane sul territorio di Salina (anch'esse testimoniate da ritrovi archeologici) vi sono stati periodi di quasi totale spopolamento, seguiti poi da lente ripopolazioni.

Contrariamente a quanto avveniva in Sicilia, il medioevo fu realmente (almeno a tratti) una notte buia per Didyme (già conosciuta però in epoca tardo-imperiale come Salinae), in quanto subì dall'839 al 1085 le scorrerie arabe (tramite le quali giunsero però sull'isola piante come il gelso); dopo che la situazione sembrava stabilizzata dai provvedimenti normanni, affinché venisse ripopolata l'isola dalle genti provenienti da diverse zone del basso Tirreno, la morte di Federico II avvenuta a metà del XIII° secolo fece scoppiare un tumulto che oltre al regno di Sicilia infestò i relativi mari circostanti. Pisani, Genovesi e poi nuovamente musulmani cinsero d'assedio le Isole Eolie, facendo sì che Salina si spopolasse per l'ennesima volta. Spopolamento che come accennato non fu però totale, grazie alla valle di Lenòi che ospitò molti abitanti. Così poté riprendere la vita di Salina, con costruzioni di chiese che stavano a dimostrare il relativo benessere economico delle borgate. Il resto è storia nota. L'attività mercantile raggiunse delle dimensioni tali che gli abitanti di Salina riuscirono a diventare imprenditori di loro stessi. Ciò che guadagnavano mercanteggiando con le coste campane e ioniche lo reinvestirono nell'agricoltura locale, fino a raggiungere uno status tale da volersi finalmente affrancare dal dominio coloniale di Lipari. Ci riuscirono il 7 febbraio 1867. Il sogno era divenuto realtà. Salina si era finalmente affrancata e S. Marina Salina era la sede del nuovo Comune unico.

Purtroppo però nel 1889 la filossera distrusse molti vitigni, costringendo parecchi isolani ad emigrare e modificando drasticamente l'economia isolana.

Nel 1909 si arrivò infine alla nascita dei Comuni di Leni, Malfa e S. Marina Salina, emblema di una diversità etnico-culturale accentuata dalle divisioni geografiche di un territorio spesso ostile alla compenetrazione sociale.